原則、車両用信号機に従って進行しなければいけません。
特に、横断歩道を通行して道路を横断する場合や歩行者用信号機に「歩行者・自転車専用」の表示がある場合は､歩行者用信号機に従わなければいけません。

交差点に自転車横断帯があるときは、その自転車横断帯を通って通行しなければいけません。
【根　拠】道路交通法第63条の７、同法第63条の８
【罰　則】２万円以下の罰金又は科料（警察官等の指示に背いて自転車横断帯を横断しなかった場合）

自転車横断帯がない場合、車道又は横断歩道を進行して交差点を通行することになりますが、その場合、確認すべき対面信号機が異なるので十分に注意する必要があります。
【根　拠】道路交通法第７条
【罰　則】３月以下の懲役又は５万円以下の罰金、 過失は10万円以下の罰金

1. 車道を進行して交差点を通行する場合は、車道の左側端に沿って、車両用信号機に従って進行しなければいけません。
2. 横断歩道を進行して交差点を通行する場合は、歩行者用信号機に従って進行しなければいけません。